Premetto di non essere un esperto in produzioni biologiche.
Se ho ben capito, il tuo dubbio è questo: se un formaggio fabbricato in Italia utilizza un latte proveniente da allevamenti conformi alla normativa sulle produzioni biologiche, ma non italiani, il fatto che l'etichetta del formaggio evidenzi la sua natura biologica può indurre il consumatore a dare per scontato che, dato che il formaggio è fatto in Italia, anche il latte sia italiano.
Beh, potrebbe essere; d'altra parte, se non sbaglio, la normativa in questione non mi pare entri nel merito circa l'origine geografica degli ingredienti.
Lascio la parola a chi ne sa di più.
saluti
alf