La contraddizione è la seguente secondo me:
il primo stralcio che riporti è una considerazione che appare come generale dove si consente l'utilizzo di altre forme ("o altra documentazione che accompagna la merce"). Per come è posta sembra una possibilità da usarsi senza limiti: quindi in un passaggio intermedio (B2B) sembra lecito qualsiasi forma di trasmissione delle informazioni.
Questo si contraddice con un altro stralcio della circolare, poco dopo quello da te citato:
"Imballaggi di piccole dimensioni, multilingua, di importazione [...] il Ministero della Transizione Ecologica ha chiarito che laddove siano constatabili effettivi limiti fisici e/o tecnologici per l’apposizione fisica dell’etichettatura sul packaging, tali informazioni possono essere veicolate tramite canali digitali, o laddove non sia percorribile nemmeno questa strada, devono essere rese disponibili mediante siti internet dell’azienda e/o del rivenditore."
Quindi quella che sembrava una regola generale ora viene riportata come caso particolare da applicarsi solo per difficoltà tecnologiche.